こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
「論ずる」が、「動詞-一般」「文語サ行変格」として抽出されているようで
したら、MeCabと近代文語Unidicは正常に動作していると考えられます。
次のポイントはKH Coder側の設定です。
(1) まずメニューから「プロジェクト」「設定」とたどり、「MeCab」が選択
されていて、「Unicode辞書」にチェックが入っていることを、念のためにご
確認ください。
(2) そして品詞設定ですが、 http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#kobun
こちらのFAQ項目の「6. KH Coderの品詞設定を中古和文Unidicにあわせて変更
する」手順を再度ご確認ください。
たとえば、「config」フォルダ中の「hinshi_mecab」を編集するのが正しい手
順ですが、もしかして、「hinshi_chasen」ファイルを編集なさっているとい
うことはございませんでしょうか。
「hinshi_mecab」ファイルを開いて、動詞の行が「13,動詞,動詞-一般」とな
っているかをご確認ください。もし、こうなっていなければ、全体を上記FAQ
項目からコピー&ペーストして上書き保存していただくと良いでしょう。
ひとまず、上記(1)と(2)をご確認いただいた上で、再度「前処理」「抽出語リ
スト」コマンドを実行してみていただけますでしょうか。