こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
最小スパニングツリーのみを描画するには、保存した*.Rファイルを次のよう に編集すると良いでしょう。
まず「com_method <- "cnt-b"」というような行を検索します。この「cnt-b」 の部分は、中心性・サブグラフ検出手法によって変化するので、前半部分で 検索すると良いでしょう。
そして、この行の前に、以下のようなコマンドを加えてください。
> n2 <- minimum.spanning.tree( > n2, > weights = 1 - get.edge.attribute(n2, "weight"), > algorithm="prim" > )
これで、もともとの描画対象であったネットワーク「n2」から最小スパニング ツリー(MST)を取り出したものが、新たに「n2」に代入されます。そしてMST (n2)が、中心性計算・サブグラフ検出の対象となります。
MSTのみにすると、添付画像のようなすっきりしたネットワークになりますね。
次にパッケージについては、単にどちらかを起動してinstall.packages()を 実行するだけで良いような感じです。
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