こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
これはメモリが足りない場合に生じるエラーです。共起ネットワーク作成には
Rを利用していますが,Rは全データをメモリ上に読み出すので,メモリ容量が
制約になります。
テキストファイル・データファイルの容量と言うよりは,「文書数」が問題に
なります。このデータでは113万件ほどですね。処理できたデータの方は,文
書数がもっと少なかったということはないでしょうか?
何年も前に書いたので,少し情報が古くなっている面がありますが,こちらの
FAQ記事がご参考になるやもしれません。
http://khcoder.net/FAQ.html#d-size
※FAQ記事には文書数10,000以下と記載していますが,おそらく,お使いのPC
であれば100,000くらいまでは大丈夫かなと思います。