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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

同順1位の場合、選択の基準は特に指定していません。強いて言えば、
Rのソート関数が出力した順番ですが、これがどういう順番かはよく
分かりません（調べていません）。

同順1位がある語、すなわちcheck列に1になっている語は、現状では
一意に分類することには失敗しているというところです。

check列に1がある場合は、jaccard係数以外の基準を加味して判断す
るような処理が必要かもしれません。