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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> help(pdf)

をR上で実行すると、以下のような説明が出ますね。

> width, height: the width and height of the graphics region in inches.
> The default values are '7'.

単位は「インチ」ということですが、1インチが何ピクセルにあたるかは、は
っきり書かれていません。たぶん72ピクセルかなぁ（7インチ＝504px）と思う
のですが、お使いになっての実感と一致していますでしょうか。