こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
以下のような手順で可能です。
複数のファイルを、こちらの手順で1つのファイルに併合します。
http://khc.sourceforge.net/kuroshio.html#c5prac
そうしますとファイルA・ファイルB・ファイルCのように別々のファイルだっ
たものが、1つのファイル内で文書A・文書B・文書Cというふうに認識されます。
あとはメニューから「ツール」「文書」「クラスター分析」と進めてください。
集計単位として「H2」を選択すると良いでしょう。分析結果が出たら、画面右
側の「プロット」ボタンをクリックすることで、デンドログラムが表示されま
す。
次に主成分分析ですが、KH Coder上のマウス操作だけでは実行できません。
対応分析でも良ければ、次の手順で実行できます(対応分析でも多くの場合
は似た結果になります)。「ツール」「抽出語」「対応分析」と進めて、「抽
出語×文書」「H2」を選択して「OK」をクリックします。結果が出たら、左下
の部分で「変数のみ」を選択します。すると、文書名だけがプロットされて、
抽出語は薄い色のドットのみとなります。このページの少し下の方に例があ
ります:
http://khc.sourceforge.net/screen/c10corresp_full.png
http://khc.sourceforge.net/kuroshio.html#c10
対応分析ではなく、主成分分析にこだわりたい場合は、上記デンドログラムを
「R Source」形式で保存し、R上で実行します。このスライドの5枚目までの手
順です。
http://www.slideshare.net/khcoder/r1kh-coder
その後に主成分分析のRコマンドを実行すれば、主成分分析を行うことができ
るでしょう。