こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
わざわざソースをご覧になったとは恐縮です。ただ、KH Coderでは、ほぼすべ
てのプロットをR形式で保存できるようになっています。
デンドログラムのWindowで、「保存」をクリックし、「ファイルの種類」のと
ころで「R Source」形式を選択してください。そうするとプロット作成のため
に実行したRコマンドがそのまま保存されるので、Rコマンドの比較を行ってい
ただけると思います。
なお、デンドログラムが異なる理由として考えられるのは、KH Coderではクラ
スター分析の方法として"ward"ではなく、"ward.D2"を用いている点でしょうか。