こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> 先生のご指摘はKH Coderの裏にあるMeCabもしくはChaSenを編集するという
> ことでしょうか。
はい、そういうことです。
> それともMeCabやChaSenを用いて医療用の辞書をインストールして独自で解
> 析を行うということでしょうか。
申し訳ありませんが、こうした方法については存じ上げません。
FAQページに記載のある複合語検出と組み合わせれば、強制抽出も少し楽にな
るとは思います。ただ、確かにある程度以上の数を指定する必要があるかも
しれませんね。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#dictio
なお、「どこまで抽出できてどこから抽出できないのか判別が難しく」という
のは、どのような意味でしょうか? 基本的には、「強制抽出」欄に入力した
ものはすべて抽出されると思います。