こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

お書きいただいた点については、KH Coder 3で共起ネットワークの右側に凡例
が付いたことで、大きく改善していようかと思います。またKH Coder 3では共
起をあらわす線上に、共起の程度を示す係数を表示することも可能です。
http://khc.sourceforge.net/en/screen/coef.png

KH Coder 3をお使いいただくのではいかがでしょうか。

なお、凡例や通知表示以外の方策としては、抽出語検索・抽出語リストで語の
頻度を、関連語検索で共起の程度を調べられるかと思います。