こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。マニュアルの、共起ネットワークの説明(A.5.11節)はお読みになりましたか?共起ネットワークには必ずしもすべての語が描画されない点にご注意ください。共起ネットワークに出てこない語があるのは正常です。ただ、共起ネットワークに語が追加されているという場合は、ちょっとまずいかもしれません。