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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
漱石「こころ」チュートリアルはお試しになりましたでしょうか。チュートリ
アルのデータで同じ操作（品詞選択＋関連語検索？）をした場合は、上手く動
きますでしょうか。
チュートリアルのデータで上手くいく場合は、データに何らかの原因があるの
かもしれません。チュートリアルのデータでも上手くいかない場合には、操作
手順が良くないか、KH Coderがきちんと動作していないかどちらかでしょう。
まずは、こういった問題の切り分けをして、少しずつ原因に近づいていくより
なさそうです。