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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
自己組織化マップは計算量が多いため、計算に時間がかかります。
Kohonenが提案したオリジナルのSOMなので、計算時間を短くするための最適化
が行なわれていません。また、Rは必ずしも計算が速いほうではないことなど
も関係しています。
経験上、Viscoveryシリーズは専用ソフトウェアだけあって、速かった記憶が
あります。
https://www.viscovery.net/somine/