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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> 黒い画面が一瞬出たあと，水色の長方形の図形（KH Coderと書いてあります）が出てきて，しばらくすると消えて
ここまでは正常ですね。本来ならば、この後KH Coderのウィンドウが表示されて操作が可能に…、というところなのですが…。
原因がはっきりとは分からないのですが、現時点で考えられる対処法としては以下のようなものが考えられます。
[1] アンチウイルスまたはファイアーフォールまたはセキュリティ関連のソフトを一時的に無効にする
[2] VB6ランタイムのインストール
（ http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se188840.html ）
[3] もし統計解析とグラフィックスのための環境「R」がインストールされている場合、一時的にこれをアンインストール
[4] もし制限ユーザーとしてログオンしている場合は管理者ユーザーとしてログオン
[5] 可能ならば別のPCで試す
原因が分からないエラーであるため、一般的な対処法しか挙げられずに恐縮ですが、現時点で思いつくのは以上のようなところでございます。
どうぞよろしくお願いいたします。