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はじめまして、樋口です。
書き込みありがとうございます。
「文章から音素を抽出する」というのが具体的にどういった処理のこと
なのか寡聞にして存じないのですが、一般に、新しい機能を加えるため
にはなにかしらプログラミング（に近いこと）が必要になると思います。
単純な機能（もしくはKH Coderに元から用意されている機能に似通った
機能）を追加するであれば、KH Coderのメニューから「ツール」「SQL文
の実行」とたどって、独自のSQLを実行するだけで良いかもしれません。
もう少し複雑な機能でも、KH Coderのプラグインを作成することで実現
できると思います。プラグインについては、「plugin」フォルダにサン
プルがあります。
さらに根本的にKH Coderを改造されたい場合には、ソースコードを編集
する（プログラミングを行う）必要が生じるでしょう。これについては
別の投稿として書かせていただきます。
以上、ひとまずのご返信までにて失礼いたします。
どうぞよろしくお願いいたします。