こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
(1)についてですが、InnoDB(=MySQL)のエラーが出ていますね。
「[ERROR] InnoDB」で始まる行です。これらの行が出ているうちはKH Coderは
正常動作しないと思います。
一度Macを再起動してもこのエラーが消えない場合には、KH Coderを完全に削
除してから、再度解凍していただくのが良いかと思います。
1. 「アプリケーション」の中にある「khcoder3」フォルダを削除してください。
2. もし「ダウンロード」フォルダにも「khcoder3」がある場合、これも削除してください。
3. 画面左上隅のリンゴマークからMacを再起動してください。
4. 再度KH Coderの自動設定ソフトウェアをダウンロード・解凍してください。
これでKH Coder起動時のInnoDBのエラーが消えるかどうか見てみてください。
KH Coder再インストール前に、完全削除とMacの再起動を行うのがポイントです。
まずは以上の手順によって「[ERROR] InnoDB」が消えるかどうか、お試しいただいて
結果をお知らせいただけますでしょうか。
あと、なにかセキュリティ・ウイルス対策系のソフトはインストールしていら
っしゃるでしょうか? これに限らず、動作していた6月頃以降にインストール
なさったアプリなど、思い当たるものはありますか?
p.s.
なお、KH Coderを同時に複数起動することは避けてください。またKH Coderが
起動している際にMacを終了することも避けて下さい。KH Coderを正常終了
させてから(MySQLをShutdownさせてから)、Macを終了するようご注意ください。