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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
> 「Checking MySQL connection...」が表示されたところで何分も止まってし
> まうことです。
これは明らかに異常ですね。ここではTCP/IP（ネットワーク）を使ってMySQL
への接続を試行しています。
可能性として考えられることの1つは，やはり，ネットワーク接続を制御する
ような（ファアーウォール系の）ソフトに止められていることでしょうか。
この手のソフトウェア，お使いでしょうか？
もしお使いでしたら，ファイアーウォールやインターネットセキュリティと呼
ばれるようなソフトウェアを，一時的に無効にしてお試しいただくのが一手
かと存じます。
もう1つの可能性としては，MySQLが使おうとしているTCP Port 3309が既に
別のソフトウェアに使われているということも考えられます。KH Coderを
起動する前に，現在どのIPアドレス・ポートが使用中(LISTEN)かをお調べ
いただくといかがでしょう？ 3309が使用中になっていたりしないでしょうか？
調べ方のご参考: https://rensrv.com/macos/ip-address-port-in-use/