こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。現在のKH Coder 3ではプロジェクトごとに利用する形態素解析器を選択できるようになっています。ですから新規プロジェクト作成時か、あるいは「プロジェクト」「開く」「編集」から選択してください。