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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
余計な前置きかもしれませんが分析の方針として、集計に使う語の取捨選択は、
手で一語一語選ぶのではなくて、出現数や品詞をもとに機械的に行うことをお
勧めしています。
しかし、エラーが出るというのはバグですので、なんとか問題を解決したいと
思います。特定の語を除くには、やはり「使用しない語の設定」を行うのが良
いでしょう。
当方の環境では、「使用しない語の設定」欄にいくつか語を入力しても、クラ
スター分析や共起ネットワーク作成を実行できるようです。そのため、エラー
を再現できず、問題の原因をつかめずにいます。
そこで、原因追及のためにお試しいただきたいのですが、第一にチュートリア
ルの漱石「こころ」のデータではいかがでしょうか。(1)前処理を実行し、(2)
クラスター分析実行、(3)「使用しない語の設定」欄に「父」と「母」を追加、
(4)前処理を再度実行、(5)クラスター分析を再度実行というふうに進めてみた
場合、エラーになりますでしょうか？ なお、クラスター分析実行時には「集
計単位」が「段落」になっていることを確認する以外は、オプションを変更せ
ずにお試し下さい（原因追及をやりやすくするためです）。
第二に、ご自身でお使いのデータでお試しいただきたいのですが、「使用しな
い語の設定」覧に、語を1つ追加してはクラスター分析を行うという操作を繰
り返してみていただくと、どうでしょうか。特定の語を追加するとエラーが発
生するというようなことはあるでしょうか？