素晴らしいソフトの公開ありがとうございます。
さて、こちらでKH Coderを起動し、
チュートリアルに乗っ取ってkokoro2.txtのプロジェクトを作ろうとしたところエラーが出ます。

分析対象ファイルを選び、名前を付けて、OKを押すと、
「MySQLデータベースの処理に失敗しました。KH Coderを修了します List DBs」と表示されアプリケーションが閉じます。

MySQLはすでに個人でインストール済で、バージョンはMySQL 5.0.4-beta-ntです。coder.iniにユーザ名とパスワードは追加してあります。何が原因なのでしょうか。

ソースを見た限り、MySQLにうまく接続できていないようには感じました。

こんにちは、樋口です。
書き込みありがとうございます。

おそらく、MySQLのバージョンが原因かと思われます。
KH CoderのWindows版パッケージを利用されるか、あるいは、MySQL 3.23のインストールをお勧めします。
# KH Coderのソースコードをお使いになりたい場合は、Windows版パッ
# ケージと同じ場所にソースコードを解凍して「perl kh_coder.pl」
# とすることで、パッケージに同梱のMySQL・ChaSenを利用できます。

なお、KH CoderのWindows版バイナリにはMySQLにアクセスするためのPerlモジュール（DBD::mysql）が含まれていますが、これのバージョンが古いために、MySQL 5にはアクセスできないようです。

したがって、どうしてもMySQL 5をお使いになりたいという場合は、Perl（と各種Perlモジュール）を用意した上で、KH Coderのソースコードをご利用いただく必要があります。
手元のActivePerl 635 & MySQL 5.0.16-ntで試してみたところ、「ppm --upgrade dbd-mysql」でPerlモジュール（DBD::mysql）を最新版に更新すれば、MySQL 5への接続が可能になりました。
ただ、今度はSQLエラーが出ます。これは、kh_lib\mysql_exec.pmの31行目「return $dbh;」の前に、「$dbh->do('SET NAMES \'ujis\'');」という行を追加することで解決できるようです。
もっとも、MySQLの新しいバージョンでも、開発に使っているMySQL 3.23と同じ結果が得られるのかどうか未確認ですので、こういった方法は、あまり積極的にはお勧めできません。Stored Procedures, Triggers, ViewsといったMySQL 5の新機能は（使いこなせれば）面白そうだとは思うのですが・・・。

[追記]
KH CoderのWindows版パッケージに同梱のcoder.iniでは、「sql_port」が3307となっています。しかし、普通にMySQLをインストールした場合、ポートは3306になるはずです。よって、ご自身でインストールしたMySQLを使われる場合には、この部分が3306になっていることをご確認下さい。（Windows版パッケージに同梱のMySQLは、既存のMySQLと競合しないように、ポートを1つずらして3307にしています）

さっそくのお返事ありがとうございます。
「追記」の方も含め、いろいろやってみます。