こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
KH Coderが起動する所まで来たということは、既にいろいろな設定を乗り越え
ていらっしゃると思います。大部ゴールに近づいていると思います。
さて、現在のエラーはMySQL関連ですね。
「config」フォルダの「coder.ini」をテキストエディタで開き、
「sql_username」と「sql_password」を入力して上書き保存してください。
「sql_username」は「root」、「sql_password」はMySQLインストール時に設
定したパスワードとするのが無難かと思います。
もしまだMySQLをインスト−ルされていない場合には、MySQL Community Server
をダウンロード・インストールしてください。
このあたりはマニュアルにきちんと書いていなかったように思います。お手数
をおかけして恐縮です。
p.s.
なお現在のKH Coderは最新版のigraphパッケージには対応していません。その
ため、共起ネットワークを作成される場合には、igraph_0.5.5-4.tar.gzをイ
ンストールしてください。※igraphというのはRのパッケージです。