こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
そういえばMac上でお使いでしたね。
KH Coderから保存したRコマンドのファイルを実行するために、source()コマ
ンドを走らせる形になっていると思います。このsource()コマンドに、
encodingオプションを追加し、以下のように実行して下さい。
> source('~/perl/khcoder/corresp.r', chdir = TRUE, encoding="eucjp")
このオプションを付けなければ、おそらく「不正なマルチバイト文字列」と
怒られているのではないかと思います。