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  [No.1422] Rのファイル読み込みエラー 投稿者:HS  投稿日:2013/10/15(Tue) 20:27:34

樋口先生
お世話になります。

クロス集計時にカイ二乗が表示されません。
コンソールには、'Could not read the output of R.'と項目数分表示されています。
読み込んだファイルは'kokoro2.txt'で、チュートリアルと同じ操作をしています。

インストール先はXPなのですが、何か操作は必要でしょうか。

お手数ですが、よろしくご教示のほど、お願いいたします。


  [No.1423] Re: Rのファイル読み込みエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2013/10/15(Tue) 23:48:48

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

しばしば見受けられるのは、セキュリティ関連のソフトウェアによってKH Cod
erとRのやりとりが遮断されているというケースです。セキュリティ関連のソ
フトウェアは何かお使いでしょうか。一時的にセキュリティを無効にしてお試
しいただくといかがでしょうか。

それでも上手くいかない場合ですが、「Could not read the output of R」の、
次の行には何か表示されていますでしょうか。

またKH Coderの起動時のコンソール画面には、「R Version: 2.12」といった
形でバージョン番号が表示されていますでしょうか。


  [No.1424] Re: Rのファイル読み込みエラー 投稿者:HS  投稿日:2013/10/16(Wed) 10:18:35


樋口先生、早速のご回答、ありがとうございます。

「Could not read the output of R」の次の行には、
何も表示されません。
このメッセージは、カイ2乗検定の項目数だけ表示されています。

出力結果画面には、「カイ2乗検定」の項目があり、「---」
で項目は埋まっています。
Rのフォルダを削除してみると、この「カイ2乗検定」の項目
は表示されなくなるので、何らかの処理は内部で実行されて
いるのではないかと推測しています。

バージョンに関しては、「Could not get Version Number of R...」
が表示され、その後に「Using un-threaded functions...」が表示されます。

ウィルスソフトはインストールしていません。

以上が起こっている現象です。


  [No.1425] Re: Rのファイル読み込みエラー 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2013/10/16(Wed) 12:18:05

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

バージョンの表示ですが、Rのフォルダを削除しない場合も、「Could not get
Version Number of R...」という表示でしょうか。※その場合、Rの起動に失
敗していて、Rをまったく使うことができない状態です。

考えられることとしては、そうですね、KH Coder解凍・インストールした場所
がC:\khcoder以外の場合は、一度C:\khcoderでお試しいただくとよいかもしれ
ません。C:\khcoderで上手くいっていない場合は、逆にデスクトップに「khco
der」フォルダを作ってみるのも良いかもしれません。

それから、kh_coder.exeと同じ場所にあるRgui.batをダブルクリックして、正
常にRが起動するか確認してみていただくのも、トラブルシュートにつながる
でしょう。「R Console」Windowに「1 + 1」などと入力してエンター・キーを
押し、計算できるかどうか見てみてください。


p.s.
Rフォルダを削除しますと、Rを使った計算(検定)をそもそもしなくなります
ので、エラー表示も出なくなります。


  [No.1426] Re: Rのファイル読み込みエラー 投稿者:HS  投稿日:2013/10/16(Wed) 14:44:06


樋口先生、お世話になっております。

Rのフォルダを削除しない場合も、「Could not getVersion Number of R...」という表示になります。
つまり、この時点でRが動いてないのですね。

KH Coder解凍・インストールした場所はC:\khcoderです。
デスクトップでも試しましたが、同様の結果です。

Rgui.batをダブルクリックして、正常にRが起動し、計算できることも確認しました。

Rフォルダを削除しますと、Rを使った計算(カイ2乗検定)ができなくなるので
何とかRを使えるようにしたいです。

Rを手動起動などで代用することはできないのでしょうか。


  [No.1427] Re: Rの起動確認 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2013/10/16(Wed) 15:36:00

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

はい、KH Coderの起動時からずっと、(1)Rの起動に失敗しているか、(2)Rは起
動しているけれどKH CoderとRのやり取りができずにいるか、どちらかのよう
です。

どんな原因なのか、今のところまったく見当がつかないのですが、まずは(1)
か(2)のどちらかといったことから確認していけば、もしかすると、成功につ
ながるかもしれません。

その手順ですが、Rのフォルダを削除せずにKH Coderを起動して、コードのク
ロス集計を行ってみて下さい。そしてスタートメニューの「ファイル名を指定
して実行」を選択し、「taskmgr」と入力してエンター・キーを押すことでタ
スクマネージャーを起動します。タスクマネージャーの「プロセス」タブを開
き、「イメージ名」でソートして「Rterm.exe」があるかどうかを確認して下
さい。「Rterm.exe」があれば、Rは起動しているということになります。

もしRが起動している場合は、kh_coder.exeと同じ場所にある「config」フォ
ルダを開き、さらにその中にある「R-bridge」フォルダを開きます。この「R-
bridge」フォルダの中に「output.log」というファイルがあれば、ダブルクリ
ックして開いてみて下さい。このファイルの中に「[1] "khc=15.396065488666
6=0.000453718...」といった記述があれば、計算は正常に実行できているとい
うことになります。


なお、上の手順とは別に、「config」フォルダ中に上述の「R-bridge」フォル
ダがあるかどうかをご確認下さい。もしこの名前のフォルダが無ければ、この
名前でフォルダを作ってみて下さい。その上でKH Coderを起動して、Rのバー
ジョン番号が表示されるかどうかをお試しください。


ひとまず思いつくのは以上のような所です。原因がまったく分からないので、
もしかすると、別のWindows PCでお試しいただく方が早いかもしれませんが…。


  [No.1432] Re: Rの起動確認 投稿者:HS  投稿日:2013/10/16(Wed) 17:57:31


樋口先生、お世話になっております。

「Rterm.exe」があることを確認しました。
したがって、Rは起動しているということになります。

「output.log」ファイルの中に「[1] "khc=15.396065488666
6=0.000453718...」といった記述があるので、計算は正常に実行できています。

configフォルダ中に「R-bridge」フォルダはあり、
KHcoderを起動すると4つのファイルが作成されます。

別のWindows PCでも同様の現象が発生しています。

ときどき、たとえば「*友情」の項目にカイ2乗値が表示されたり
するので、出力値が読み込まれていないのではと考えていますが、
どうでしょうか。

タイミング等の問題は考えられないでしょうか。

もちろん、1つの項目にカイ2乗値が表示されると、Could not read
のエラーメッセージは1つ表示されなくなります。


  [No.1434] Re: 対症療法バージョン 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2013/10/16(Wed) 20:30:57

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

Rは起動していて、計算もしているということですね。

まさしく、お書きいただいた通り、KH CoderがRの出力を見に行くタイミング
の問題と考えられますが、なぜこの問題が生じているのかが難問です。

この問題が生じているPCに関して、何かお心当たりはおありでしょうか。たと
えば開発系のソフト(IDE)や、バックアップ関連のソフト、その他、システ
ム全体ないしはディスク・アクセス全般に影響するようなソフトをインストー
ルされていますでしょうか。あるいはC:\khcoderフォルダが、Dropboxか同種
のもので同期されているといったことはございますでしょうか。


環境側の要因も気になるのですが、それはいったん脇に置いて、対症療法的に
タイミングを少しずらしたバージョンを作ってみました。既存のkh_coder.exe
を「kh_coder.exe.bak」のようにリネームしてから、こちらのバージョンを同
じ場所にコピーして、お試しいただけますでしょうか。
http://khcoder.info/psnl/tmp/kh_coder.exe


  [No.1435] Re: 対症療法バージョン 投稿者:HS  投稿日:2013/10/16(Wed) 23:08:51


樋口先生、お世話になっております。

対症療法バージョンのご提供、ありがとうございます。
早速、実行してみましたところ、改善は見られました。

以前はほとんどカイ2乗値が表示されませんでしたが、
改善版はカイ2乗値が表示される確率が高まりました。
ただし、表示される項目は1項目だけであり、
「人の死」の項目で表示されたり、「友情」の項目で
表示されたりします。

こちらの環境で気になるところは、MACのBOOTCAMPを使用していることです。
ただし、これはVMWareなどのようにエミュレータとしての使用ではなく
IntelのCPUにXPがクリーンインストールされているので影響はないと
考えております。

XP自体には、ウィルスソフトを始めほとんど何も入っていない状態です。

当面の対策としてはoutputのファイルのデータにカイ2乗値が出力
されているようですので、この値を使用させていただこうと考えています。

この値は出力値のカイ2乗値の左側の項目から2行単位に出力されており、
一番左側のkhc=38.5821810589207の項目が画面に表示されていると
理解してよろしいでしょうか。
また、このカイ2乗値はイエーツの補正後の値ですよね。

あと、5%有意か1%有意は、このファイルで確認することができますでしょうか。


  [No.1436] Re: 対症療法バージョン(その2) 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2013/10/16(Wed) 23:24:46

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

対症療法バージョンをアップデートしてみました。
よろしければ、もう一度ダウンロードしてお試しください。
http://khcoder.info/psnl/tmp/kh_coder.exe

これでも芳しくなければ、少し面倒な操作がそちらで必要に
なるのですが、根本的に修正する次の一手もあります。


なお、MacのBOOTCAMPということですが、ちなみにWindows
のCドライブのファイルシステムはFAT32でしょうかNTFSで
しょうか。
(マイコンピュータのCドライブ上で右クリック→プロパ
ティで確認できます)


  [No.1437] Re: 対症療法バージョン(その2) 投稿者:HS  投稿日:2013/10/17(Thu) 00:24:39


樋口先生、お世話になっております。

どうもありがとうございます。
カイ2乗値がすべて表示されるようになりました。

起動時には「R Version: 2.12」が表示されています。
エラーも出力されておりません。

ちなみにWindowsのCドライブのファイルシステムはFAT32です。

大変お世話になりました。
また何かありましたら、よろしくお願いいたします。


  [No.1438] お礼 投稿者:HIGUCHI Koichi  投稿日:2013/10/18(Fri) 12:14:01

こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

どうやら「FAT/FAT32のディスク上ではRの出力を読み取れない」というバグが
KH Coderに残っていたようです。おかげさまでこのバグを発見・修正すること
ができました。今後の公開版にはこのバグ修正が含まれます。

この度は長々とお付き合いいただきまして、大変ありがとうございました。


  [No.1444] Re: お礼 投稿者:HS  投稿日:2013/10/20(Sun) 19:42:57


樋口先生、書き込みが遅れましてすいません。

私の方こそありがとうございました。
対応していただいたおかげで、無事にゼミでの研究発表を済ませることができました。
カイ2乗値が画面に表示されたときは、「オー」と叫び声が上がりました。
結果のデータが並んでいるのを見ると、とても嬉しくなります。

今回、KHcoderを使用していて驚いたのは、曖昧な語尾の単語でもきちんと抽出してくれることです。
これは、出力結果の単語から元の入力データのテキストファイルを検索しても、検索できないことから気がつきました。
つまり、曖昧な語尾でも正しい語尾に直して出力してくれるわけです。
全く、頭が下がる思いです。

これからも、KHCoderを使わせていただきます。
どうも、ありがとうございました。