こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> Non-function objects are not currently inserted (not traceable): .packageName
> Modified functions inserted through trace(): wordlayout

このあたりは、各行の前半をGoogle検索してみると、何か手がかりが出てこな
いでしょうか。

> [1] "iterations: 500010"

こちらは「iterations」で、KH Coderから保存した*.rファイルを検索してみ
るといかがでしょう。画面に出るということは「print」コマンドを使ってい
る可能性が高いわけですが、何をprintしているのか調べてみるといかがで
しょう。