こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
実際のデータや分析結果を見せていただかないと、はっきりしたことは言えま
せんが、入力データが大きく変われば、分析の結果(位置)が大きく変わるの
は自然なことと思います。
またKHCoderにおける成分1、成分2は標準的な対応分析の結果そのもので、特
に変わったものではありません。
たとえば、リンゴ・パイナップル・ミカン・オレンジの4つを比べる場合なら、
ミカンとオレンジが似ていて他2つとは違う、というような分析結果になるこ
とが考えられます。
しかし、牛肉・豚肉・鶏肉・鴨肉などを分析に加えれば、フルーツ4つと肉4つ
の2グループに大きく分かれるというような分析結果になるでしょう。この場
合は、肉4つを加えることで、「位置が大きく変わってしまう」ことになるで
しょうし、それが自然なことと思います。