こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
まず、KH Coderはデフォルトの設定では代名詞を分析対象外としています。
もし分析対象に含めたい場合には、品詞の設定を変更する必要があります。
次に、代名詞を分析に含めるかどうかや、省略された主語を数えるかどうかは、
「分析から何を明らかにしたいのか」という分析の目的によって異なるでしょ
う。
ただ、もし代名詞の指示内容や省略された主語まで数えたい場合は、（コー
ディングルールを書けば可能ではありますが）手作業での分類・カウントに
近い労力が必要になるでしょう。