おいおい３件めかよみたいなことになってますが、

1.30にバージョンアップするとき既に分析をはじめたフォルダーに回答してしまうと、jchist.plが書き換えられるためか、登録したプロジェクトが消えます。そのときは、新しいkh_coder.exeだけコピーすればいいですか？

1.3へのバージョンアップで更新されたのは、
　　・kh_coder.exe
　　・kh_coder_manual.pdf
　　・khc.xla
の３つのファイルです。
今回の場合、これらのファイルを上書きするだけでOKです。

ただ、将来的には、バージョンアップに伴ってデータ構造を変える可能性もあります。その場合には、プロジェクトを再登録して、前処理をやり直す必要が出てきます・・・。