こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
KH Coderの共起ネットワークでは、他の語と（強い）共起関係が無い語はプロ
ットされません。したがって、見えている共起関係の線が他に無ければ、重な
っているところに共起関係があると考えて良いでしょう。
上述のような判断ができない場合は、少し面倒ですが、以下のような方法で確
認できます。
まず、当該の共起ネットワークをR形式で保存します。そして、そのファイル
をRで実行して、同様の図がRで描けることを確認して下さい。kh_coder.exeが
ある場所から見て、dep\R\bin\Rgui.exeを実行すれば、KH Coderに付属のRを
起動できます。そして「R Console」上に、保存したR形式のファイル（*.r）
をドラッグ＆ドロップすれば、R形式のファイルを実行することができます。
KH Coder上に表示されたのと同様のネットワークを、R上で作成できることを
確認できたら、次にR形式ファイルを編集します。R形式ファイルをメモ帳のよ
うなテキストエディタで開きます。そして「vertex.label.family= "",」とい
うような記述を探し、その後ろに「vertex.size = 0,」という行を加えて保存
します。そして再度このR形式ファイルを、Rで実行して下さい。これによって
○の大きさを限界まで(?)小さくすることができるので、線の有無を見やすく
なるでしょう。