樋口です。書き込みありがとうございます。
ひとまずは上手く行ったご様子で、なによりです。
参考文献ということですが、なにはともあれ、KH Coderに付属のチュートリア
ル（khcoder_tutorial.pdf）がお勧めです。これをお読みいただいて、同じ操
作をお試しいただければ、一定程度まではつかんでいただけるのではないかと
思います。
読みやすさにはまったく自信がありませんが、KH Coderについてさらに詳しく
ということでしたら、設計思想を書いた論文もございます。余裕がございまし
たら『理論と方法』の方だけでもお目通しいただけると、良いかもしれません。
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#o-2
「この分野については、これを読んでおけば大丈夫」と言えるような本となる
と、なかなか難しいように思います。強いて書きますと、内容分析やテキスト
マイニングについての本をいくつか手に取られて、こうした方法を使った分析
／研究の例として、どんなものがあるのかをご覧になるというのがお勧めでし
ょうか。
『福祉・心理・看護のテキストマイニング入門』
『人文・社会科学のためのテキストマイニング』
『メッセージ分析の技法―「内容分析」への招待』
『内容分析の方法』
独断と偏見で4つ挙げました。パラパラとめくって、ご自身の研究関心に近い
事例や、ご自身の研究に応用できそうな方法が無いかどうか、眺めてみられる
と役に立つかもしれません。
統計、なかでも多変量解析については、クラスター分析ならば『実例 クラス
ター分析』、多次元尺度構成法（MDS）ならば『パソコン多次元尺度構成法』
がお勧めできます。いずれも分かりやすく書かれており、最初の方の1〜2章に、
方法の基本がまとめてあります。この分野ではその他に対応分析（数量化III
類）がよく使われますが、これについては、分かりやすい本というのがちょっ
と思いつきません。
なお、KH Coderで用いているような多変量解析はすべて、データの様子を探る
ための記述的な方法です。ですので、計算過程を統計的に正確に理解すること
だけに注力するのではなく、いろいろと計算してみて、結果を見ると言うこと
が大切です。どんな内容かを自分が知っているデータで分析してみて、どうい
う結果が出てくるのかを見ているうちに、その方法（多変量解析）の素性が徐
々に分かってくると思います。そういう意味で、漱石「こころ」であれこれ試
していただいたり、あるいは人工のミニチュア・データ（どんな内容か自分が
知っているもの）で分析を試行していただくのがお勧めです。
結局の所、「習うより慣れろ」でどんどん進めていただいて、必要に応じて上
記のような文献にあたられたり、この掲示板で質問コメントを書き込んでいた
だいたりというのが、一番お勧めできることでしょうか。あまり答えになって
いなくてすみません。