お世話になります。

RをGUIで操作しようとJGR導入まで試行錯誤で辿り着いたのですが、KH Coderでの描画がエラーするようになり、恐らくは環境面での原因だと思うのですが、エラーポイントが推定出来るならばご助言頂きたく思います。

エラーは下記のような形です。共起ネットワークやクラスター分析等、それぞれRを使った描画でこけている模様です。

1．
Can't call method "r_msg" without a package or object reference at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_mds.pm line 408.

gui_window::word_mds::make_plot at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_mds.pm line 408
gui_window::word_mds::calc at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_mds.pm line 258
gui_window::word_mds::__ANON__ at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_mds.pm line 164
Tk::After::once at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi/Tk/After.pm line 90
[once,[{},after#525,10,once,[\&gui_window::word_mds::__ANON__]]]
("after" script)


2．
Can't call method "rotate_cls" without a package or object reference at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_cls.pm line 326.

gui_window::word_cls::make_plot at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_cls.pm line 326
gui_window::word_cls::calc at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_cls.pm line 228
gui_window::word_cls::__ANON__ at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_cls.pm line 133
Tk::After::once at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi/Tk/After.pm line 90
[once,[{},after#773,10,once,[\&gui_window::word_cls::__ANON__]]]
("after" script)


3．

Can't use string ("0") as a HASH ref while "strict refs" in use at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_netgraph.pm line 518.

gui_window::word_netgraph::make_plot at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_netgraph.pm line 518
gui_window::word_netgraph::calc at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_netgraph.pm line 317
gui_window::word_netgraph::__ANON__ at /home/nncoder/kh/kh_coder/kh_lib/gui_window/word_netgraph.pm line 206
Tk::After::once at /usr/lib/perl5/site_perl/5.8.8/i386-linux-thread-multi/Tk/After.pm line 90
[once,[{},after#818,10,once,[\&gui_window::word_netgraph::__ANON__]]]
("after" script)


KH Coderの問題ではない（とも思われます）ので、こちらで質問するのはお門違いかもしれませんが、分かる範囲でご教授いただければ幸いです。

まずは問題の切り分けですが、Windows環境で同じ分析を行ってみて、結果が
正常に表示されるようでしたら、Linux環境の問題かと思われます。JGRのイン
ストールによって、何かRの設定が変わったのかも知れません。

もちろん、データ内容や設定内容、あるいはKH Coderのバグに起因する描画エ
ラーも考えられますが、もしWindows環境で上手く行くならば、そういった原
因では無さそうです。

貼り付けていただいたエラーメッセージからは、残念ながら、「Rを利用した
分析・プロットに失敗した」ことしか分かりません。「描画エラー」の画面に
書かれていた内容をお知らせいただくと、もしかするとヒントが得られるかも
しれません（確証はありませんが…）。

ご返信ありがとうございます。

JGR導入前にはLinux環境下でも正常に動いており、Windows環境下でも同エラーの再現なく通常通り稼働しています。（尚、KH Coderの再インストールも試してみましたが同様の結果です）

これまで共起ネットワークを分析に使う事が多く、R形式で保存してGUI上でカスタマイズを考えていたのでJGRを入れてみたのですが、その後共起ネットワークが描画出来ず、他の分析ツールでもエラーが出てLinux環境に起因した描画エラーかなと考えています。

Windows環境下で正式稼働したデータを用いて、Rでの描画が伴う下記4つを試した際のエラーアラートに表示されるメッセージです。

対応分析エラー時のアラート
Note:polygon geometry computations in maptools
depend on the package gpclib, which has a restricted licence. It is disabled by default;
to enable gpclib, type gpclibPermit()
Checking rgeos availability as gpclib substitute:FALSE

多次元尺度構成法エラー時のアラート
initial value 38.651060
iter 5value 32.814336
iter 10value 28.180384
iter 15value 26.982192
iter 15value 26.963666
iter 15value 26.962424
final value 26.962424
converged

階層的クラスター分析エラー時のアラート
（アラートメッセージが空欄で複数回続いた後、先のCan't call method "rotate_cls"...のエラー表示）

共起ネットワーク分析エラー時のアラート
（アラートメッセージは空欄で複数回続いた後、先のCan't use string...のエラー表示）


ヒントになれば良いのですが…。
よろしくお願いいたします。

自己レスです。

Rの再インストールにより事象は解消されました。
お手数をおかけしまして申し訳ありませんでした。

同時にJGRの方にエラーが…。
RをGUIでいじるのはWindowのほうが良いかなぁと考え始めています。

今後ともよろしくお願いいたします。

なにはともあれ、問題が解決したとのことで良かったです。

お書きいただいた内容からすると、どうやらJGRがRの設定を変更していたよう
ですね。Rの再インストールによって、その設定変更がなくなると、JGRは動か
なくなったと見るのが穏当でしょうか。

> RをGUIでいじるのはWindowのほうが良いか

もちろんそれも一手かとは思いますが、単にテキストエディタでRコマンドを
編集されるのが手っ取り早いかもしれません。Rの場合GUIがサポートしてくれ
る内容は限られているかと思いますし、必ずしもGUI環境にこだわらなくとも
良いかもしれません。

お手数おかけしました。

> お書きいただいた内容からすると、どうやらJGRがRの設定を変更していたよう
> ですね。Rの再インストールによって、その設定変更がなくなると、JGRは動か
> なくなったと見るのが穏当でしょうか。

そうかもしれません。
JGRに関してはネット上にも情報が少なく、苦戦して導入したものの本末転倒になってしまいました。

RもGUIに凄くこだわっているわけではないのですが、簡単な操作を任せてしまいたいと怠惰な気持ちがあってのことでした。
解析用サーバがLinuxという制約が無ければ、こなれたWindowsでさくさくと解析をすすめたいのですが。

またつまづいたらお世話になるかと思います。
その際はよろしくお願いいたします。

> 簡単な操作を任せてしまいたいと怠惰な気持ち

今回はたまたま上手くいかなかったようですが、コンピュータを扱うときには
このお気持ち、すごく重要だと思います。この「怠惰さ」が原動力になって、
コンピュータ技術は進歩してきたように思います。

ともあれ、ご健闘を祈ります。