こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
なにぶん自動処理ですので、お書きいただいた通り、なかなか完全な分類は難
しいのが現状です。
その対処ですが、品詞分類が違っているために不便に感じられるような、具体
的な場面というか分析というかはありますでしょうか? というのも、例えば、
分析の際に「タグ」や「未知語」も分析に含めるといった形で対処できるなら
ば、その方が簡単かと思います。費用対効果/労力対効果という点でも、これ
が穏当な線でしょうし、個人的にはお勧めです。
一方で、どうしても未知語を固有名詞などに変更したいということでしたら、
茶筌の辞書を編集するという方法があります。KH Coderは語の抽出に茶筌とい
うソフトを使っています。そして、茶筌が「未知語」と判定した語は、KH Coder
上でも「未知語」になります。ですので、同梱の茶筌の辞書に新しい語を登録
すれば、未知語ではなく、名詞等に変更できるでしょう。
茶筌の辞書の編集については、dep\chasen\dic\docフォルダのPDFマニュアル
をご覧ください。基本的にはdep\chasen\dicにある*.dicファイルを編集した
上で、dep\chasen\Makefile.batを実行するというような手順だと思います。