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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
すみません、先ほどは少し見落としていたことがあります。
> 「だ+ある+。」の場合は、「ある」が「あった」（＝であった。）もカウン
> トされると思いますが ...
これはカウントされないようなのです。「前処理」→「語の抽出結果を確認」
コマンドで、「であった。」と入力して検索してみてください。そして、検索
結果の任意の行をダブルクリックすると、詳細が表示されます。詳細を見ると
「であった。」は「だ+ある+た+。」であることがわかります。助動詞「た」
が加わっています。
このように、語の取り出され方をチェックできる点で「語の抽出結果を確認」
コマンドは便利ですので、適宜ご活用いただけましたら幸いです。