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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> igraph_0.6-2

igraphパッケージが「新しすぎる」のがエラーの原因です。0.6以降のバージ
ョンでは仕様が変わっている上にバグがあるため、KH Coderでは使用できませ
ん。

まずは現在のigraphパッケージを削除して下さい。R上で以下のコマンドを実
行することで削除できると思います。

> remove.packages("igraph")

次に、CRANのアーカイブから「igraph_0.5.5-4.tar.gz」をダウンロードしま
す。
http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/igraph/

そしてRのメニューから次のようなコマンドを入力することで、igraph 0.5を
インストールします。

> install.packages("~/Downloads/igraph_0.5.5-4.tar", repos=NULL, type="source")

※必要に応じてファイル名を変更して下さい。「~/」はホームフォルダをあら
わしますので、通常この部分は変更不要です。私の環境では、アプリケーショ
ン一覧の中で「R」ではなく「R64」の方でこの操作を行うと、KH Coderで共起
ネットワークを作成できるようになりました。

以上を行ってから、KH Coderで共起ネットワーク作成をお試し下さい。