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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
「マニュアル通り」といいますと、漱石「こころ」のチュートリアルのことで
しょうか？ もし異なる場合は、一度「こころ」のチュートリアル通りに操作
を行って結果をお知らせいただきますと、データや操作法の問題なのか、それ
以外の問題なのかという切り分けができようかと思います。
また、KH Coderを起動すると黒い背景のコンソール画面が開きますが、ここは
どのような表示になっていますでしょうか？ 通常ではあれば、起動時には以
下のような表示になっていようかと思います。とくに「R Version」の箇所に
何か違いはないでしょうか？
> Available Physical Memory: 1100MB
> Checking MySQL Connection...
> Starting Mysql...
> R Version: 2.12
> （後略）
それと、「Rを用いた推定または描画に失敗しました」というエラーが出る場
合、これが何度か連続して表示されると思います。その中で、特に最初に表示
される画面の内容が重要です。最初に表示される画面で、「Rを用いた推定ま
たは描画に失敗しました」の下に何か他にも表示されている場合、これを省略
・意訳せずにお知らせいただけますと、問題の解決につながる可能性がありま
す。
以上、ひとまずのご返信までにて失礼いたします。
p.s.
現在のKH Coderでは、別途Rがインストールされていましても、それが原因で
エラーになることはないはずです。