こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。線の太さですが、特に閾値などは設定せずに、連続的な値で線の太さを指定しています。また共起の程度はJaccard係数で測定しており、この値を使って線の太さも指定しています。マニュアルの共起ネットワークのところも併せてご覧下さい。現在の版では、A.5.11節、54〜57ページです。
