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樋口先生、早速のご回答、ありがとうございます。
「Could not read the output of R」の次の行には、
何も表示されません。
このメッセージは、カイ２乗検定の項目数だけ表示されています。
出力結果画面には、「カイ２乗検定」の項目があり、「---」
で項目は埋まっています。
Rのフォルダを削除してみると、この「カイ２乗検定」の項目
は表示されなくなるので、何らかの処理は内部で実行されて
いるのではないかと推測しています。
バージョンに関しては、「Could not get Version Number of R...」
が表示され、その後に「Using un-threaded functions...」が表示されます。
ウィルスソフトはインストールしていません。
以上が起こっている現象です。