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樋口先生、お世話になっております。

「Rterm.exe」があることを確認しました。
したがって、Rは起動しているということになります。

「output.log」ファイルの中に「[1] "khc=15.396065488666
6=0.000453718...」といった記述があるので、計算は正常に実行できています。

configフォルダ中に「R-bridge」フォルダはあり、
KHcoderを起動すると４つのファイルが作成されます。

別のWindows PCでも同様の現象が発生しています。

ときどき、たとえば「＊友情」の項目にカイ２乗値が表示されたり
するので、出力値が読み込まれていないのではと考えていますが、
どうでしょうか。

タイミング等の問題は考えられないでしょうか。

もちろん、１つの項目にカイ２乗値が表示されると、Could not read
のエラーメッセージは１つ表示されなくなります。