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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
Rは起動していて、計算もしているということですね。
まさしく、お書きいただいた通り、KH CoderがRの出力を見に行くタイミング
の問題と考えられますが、なぜこの問題が生じているのかが難問です。
この問題が生じているPCに関して、何かお心当たりはおありでしょうか。たと
えば開発系のソフト（IDE）や、バックアップ関連のソフト、その他、システ
ム全体ないしはディスク・アクセス全般に影響するようなソフトをインストー
ルされていますでしょうか。あるいはC:\khcoderフォルダが、Dropboxか同種
のもので同期されているといったことはございますでしょうか。
環境側の要因も気になるのですが、それはいったん脇に置いて、対症療法的に
タイミングを少しずらしたバージョンを作ってみました。既存のkh_coder.exe
を「kh_coder.exe.bak」のようにリネームしてから、こちらのバージョンを同
じ場所にコピーして、お試しいただけますでしょうか。
http://khcoder.info/psnl/tmp/kh_coder.exe