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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
集計／コーディングの単位として「文」を指定した場合には、H1〜H5のタグが
ついている見出し文も、1つの文（ケース）としてカウントされます。
1番目のデータであれば、「システム」だけでなく「<H2>1版</H2>」も1ケース
として扱われています。
これを避けるためには「段落」を選択して下さい。あるいは、H1〜H5までのタ
グを使うのではなく、外部変数を使用するのも良いかと思います。
http://www.slideshare.net/khcoder/data-preparation-for-kh-coder
p.s.
マニュアルだとp. 8あたりに少し記述がありますが、あまり分かりやすくな
かったかもです。