こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。KH Coderを起動して当該のプロジェクトを開いた際、「文書の単純集計」部分の「H2」の数値はいくつになっていますでしょうか？この部分の数値は、結合したファイルの数と一致するはずです。この数値がある程度よりも大きい場合、現状のKH Coderではお書きのような事象が発生するかもしれません。
