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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

ご自身のファイルの前処理を実行する前に、「分析対象ファイルのチェック」
を行ってみると良いかもしれません。

あとは、ファイルが大きすぎる場合には、Rが「メモリーを確保するのに失敗
した」という主旨のエラーを出す場合があります。私が実際に試したことが
あるのは、この程度のサイズまでです：
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#d-size-time

ひとまず思いつくのは以上のようなところでしょうか。