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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
(1) 念のための確認ですが、「前処理」メニューの「分析対象ファイルのチェ
ック」は実行なさったでしょうか。
(2) それから、描画のエラーが表示される場合、最初に表示されるエラーがも
っとも重要です。最小に表示されるエラーの内容か、スクリーンショットを貼
っていただけますと、もしかすると手がかりになるかもしれません。
あとは、一般論としてですが、最小出現数が2ないし3というのはかなり少ない
ですね。2回出現している語Aと語Bが、2回とも一緒に出現（同じ回答内に出現
）したとすると、それだけでAとBの共起の確率が100%となる（最高に強い共起
関係にあると見なされる）点にご留意ください。
※それはそれとして、どうしてエラーが出るのか究明したいところではあるの
ですが。