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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
うーん、ちょっと、掲示板でのやりとりだけでは難しいかもしれません。
生データは無理でも、もし、「文書×抽出語」表データをご提供いただくこと
が可能でしたら、こちらで問題の再現性をチェックして対応の可否を検討する
ことができます。具体的には、以下のような手順で、デバッグ用データを作成
・送付いただければ、こちらでチェックさせていただきます。
1. 分析対象ファイルがある場所に「coder_data」というフォルダがあり、こ
のフォルダには自動生成された一時ファイルが保存されています。もしこのフ
ォルダ内にご自身でファイルを保存されている場合は、それらのファイルをバ
ックアップしてください。そして、このフォルダの中身をすべて削除して、フ
ォルダを空にします。
2. KH Coderを終了して、kh_coder.exeがある場所から見て「config\coder.in
i」というファイルを秀丸のようなテキストエディタで開きます。そして「r_p
lot_debug 0」となっている行の「0」を「1」に変更して上書き保存します。
3. KH Coderを起動して、エラーとなる処理（今回は共起ネットワーク作成）
を行ないます。
4. エラーが出たら、先の「coder_data」フォルダの内容を確認してください。
KH CoderがRに実行させようしたRコマンドのファイル（*.r）と、（成功した
分については）Rが出力したプロット画像（*.png）が保存されています。
ここで、「coder_data」フォルダの内容をすべてお送りいただければ、こちら
でのチェックが可能です。どのコマンドをRに実行させようとした時に、Rが落
ちてしまったのかを見ることで、対応を考えられるかもしれません。
お送りいただくことが難しい場合も、いくつかは描画に成功したプロット画像
がある場合、それらの画像のファイル名をお教えいただければ、ヒントになる
かもしれません。ただ、前回の実行時に成功したファイルが残っていると紛ら
わしいので、一回ごとに「coder_data」フォルダ中を空にしてお試しいただく
のが分かりやすいかと思います。
以上、生データのご提供は難しいけれど、途中経過データ（「文書×抽出語」
表データ）ならばご提供いただける場合には、ご検討いただけましたら幸いで
す。