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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

その状態で、KH Coderの前処理を試みると「input-buffer overflow」
になるのでしょうか？

その場合は、coder_dataフォルダに生成された「kokoro2_ch.txt」と下記ファ
イルとを比べてみるといかがでしょう。ファイル全体の行数や分かち書きのさ
れ方などに、何か違いはあるでしょうか？
http://khcoder.info/psnl/tmp/kokoro2_ch.zip

また、coder_dataフォルダの「kokoro2_mph.txt」というファイルも眺めてみ
てください。このファイルは基本的に「kokoro2.txt」と同じ内容のはずです
が、なにか「kokoro2.txt」と変わっているところはあるでしょうか？