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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
根気よくおつきあいいただき、痛み入ります。

さて、KH CoderとMeCabの間のデータのやりとりに問題が起きているというと
ころまでははっきりしてきました。

MeCabからChaSenに変えてみるというのも一手ですが、それはそれである程度
面倒な操作が必要です。もう少し、MeCabでなんとかならないかお試しいただ
くのが良いかと思います。

つきましては、以下の手順をお試しいただけるでしょうか。

[1] まずkh_lib/kh_morpho/linux/mecab.pmを「mecab.pm.org」のようにリネ
ームしてください。

[2] そして、下記zipファイルをダウンロードして、中に含まれる「mecab.pm
」をkh_lib/kh_morpho/linux/フォルダにコピーします。
http://khcoder.info/psnl/tmp/mecab1.zip

[3] KH Coderを再起動して前処理を実行し、「input-buffer overflow」が相
変わらず出て、相変わらず前処理が失敗するかどうかをお知らせください。

[4] 相変わらずエラーで失敗する場合、下記zipファイルをダウンロードして、
中に含まれる「mecab.pm」をkh_lib/kh_morpho/linux/フォルダに上書きコピ
ーします。そしてKH Coderを再起動して前処理を実行し、「input-buffer
overflow」が相変わらず出て、相変わらず前処理が失敗するかどうかをお知ら
せください。下記ファイルを使うと、前処理に延々と時間がかかると思います
ので、気長にお待ちください。
http://khcoder.info/psnl/tmp/mecab2.zip