こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
共起ネットワークでは、共起の程度を測るための係数としてJaccard係数を用
いています。この係数は、語があるかないか(1-0)だけを見る係数なので、
標準化していません。
一方で自己組織化マップでは、共起の程度を測るためにユークリッド距離が使
われます。このため、1000語あたりの出現数に直した後、語ごとの標準化を
行っています。出現数が全体に多いか少ないかで類似度を見るのではなく、出
現パターン(共起)で、類似度を見ようという趣旨です。
マニュアルのA.5.12節およびA.5.9節に、もう少しだけ詳しく書いています。
KH Coderの本ではp. 158およびpp. 152-153です。