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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
マニュアルのA.4.1節に記載があるように、自動修正の実行時には自動的に
バックアップファイルを作成しています。通常は「coder_data」フォルダの
中に、「（元のファイル名）_bak0.txt」のような名前のバックアップファ
イルがあると思います。
なお、分析対象ファイルの文字コードをEUCとしておき、プロジェクトの新規
作成時（または編集時に）「文字コード」を「自動判別」から「EUC」に変更
しておけば、こうしたことは起きにくいと思います。