こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
あわせて、これらのFAQ項目もご参照下さい。
「KH Coderではどの程度の大きさのファイルまで分析できますか?」
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#d-size
「大きなファイルの処理にはどの程度時間がかかりますか?」
http://khc.sourceforge.net/FAQ.html#d-size-time
もしHDD上にKH Coderを解凍・インストールなさっている場合は、SSDを追加し
て、SSD上にKH Coderを置くと、前処理に必要な時間が10分の1程度まで短縮で
きるかもしれません。こうしたものです:
http://amzn.to/1jLH8fN
> 現在、1台目のほうは、いちおうCPU使用率を1%未満で前後して作動している模様
HDD/SSDへのアクセスが活発なようでしたら、お書きのような状況も十分あり
えます。CPUが、HDD/SSD上のデータ読み書きを待っているというような状況と
思われます。ただ、コンソール画面に何かエラーらしきものが出ている場合は、
エラーで止まってしまっていることも考えられます。