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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
表示されているのは、SSD/HDDではなく、メモリ（RAM）が不足しているという
エラーです。現在扱っていらっしゃるデータ容量ですと、KH Coder上での（R
を使った）多変量解析は難しそうです。
先に挙げたFAQ項目では、ケース数／文書数として10,000を推奨していますが、
そこまで減らさないまでも、せめて100,000まで減らしていただかないと、KH
Coder上での多変量解析は難しいです。
解決策として、一番お勧めなのは、ランダム・サンプリングによって文書数を
100,000程度まで減らしていただくことです。
この方法をとれない場合には、（FAQにも書いていますが）KH Coderから「文
書×抽出語」表を出力して、この表を他の統計ソフトウェアに読み込んで解析
を行うという手があるかもしれません。この規模のデータを扱える統計ソフト
ウェアをお使いいただけば、なんとかなるだろうと思います。
あるいは、KH Coderのソースコードをダウンロードした上で、64bit版のPerl
を別途ご準備いただくという方法もあります。現在のWindows版パッケージに
は32bit版のPerlを同梱しています。このため、いくら物理メモリを積んでい
ても2GBまでしか使用できません。64bit版のPerlをご準備いただけば、この
2GBの壁を越えることができます。ただ、搭載している物理メモリを使い切っ
てしまった場合は同じエラーになるのですが…。