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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。

> 何か私の設定が間違えたりしたでしょうか。

一歩ずつ問題の切り分けを行わないと、確実なことは分からなさそうです。

KH CoderのWindow版パッケージを解凍したそのままの状態では、前処理に成功
するのでしょうか。「C:\khcoder2」あたりにでも解凍して実験をされてはい
かがでしょう。

これで成功する場合、MySQL5.6の設定の問題です。これでも成功しない場合は、
KH Coderのバグ、データ内容の問題、セキュリティソフトウェアによる介入な
どの原因が考えられます。