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こんにちは、樋口です。書き込みありがとうございます。
もっともあり得そうなこととして考えられるのは、タグの入力ミスや、タグの
付け方がKH Coderの想定にあってないといったことでしょうか。
KH Coderの想定については、マニュアルのA.2.1節をご確認下さい。なお、H1
やH2など、複数種類のタグを使われるよりは、外部変数をお使いになった方が
簡単かもしれません。
http://www.slideshare.net/khcoder/data-preparation-for-kh-coder
タグの入力ミスについては、いったん語の取り出し設定を「茶筌」に戻した上
で、「分析対象ファイルのチェック」を実行されると、何か分かるかもしれま
せん。